Madagaskar má obecně subtropické klima s horkým a deštivým létem v období od listopadu do dubna a chladnou a suchou zimou od května do října. Počasí se však vcelku razantně mění v závislosti na nadmořské výšce a geografické pozici.

Západní pobřeží je oproti tomu východnímu sušší, jih pokrývá polopoušť a deště jsou v těchto místech velmi vzácné. Průměrné teploty v létě se pohybují od 27°C do 32°C, v zimě od 18°C do 22°C. Nejlepšími měsíci pro cestu na Madagaskar jsou měsíce v období květen až říjen.

Období dešťů trvá zpravidla od listopadu do března a na vysočinách ve vnitrozemí tou dobou mohou klesnout teploty i pod 10°C. Tropické bouře a cyklony ohrožují Madagaskar celoročně, nejčastěji však v lednu a únoru. Nejohroženější je východní pobřeží, avšak může být zasaženo i hlavní město. V období prosinec až březen je zejména ve východní části ostrova častý výskyt cyklónů.